A probiotikumok mellékhatásai még nem jól dokumentáltak, a kérdéses vizsgálatokat érintő számos változó miatt.
/ élesztők, amelyek "pozitív hatást mutatnak" a bélbaktériumok flórájának egyensúlyára; de a sok probiotikus törzs közül melyik a legalkalmasabb a "mi" bélrendszerünk szabályozására? Genetika, ismeretség, szubjektivitás, csecsemők szoptatása, életmód, táplálkozás stb. ezek azok az ismeretlenek, amelyek befolyásolják a megfelelő baktériumtörzs kiválasztását, és amelyeket értékelni kell a probiotikumok mellékhatásainak elkerülése érdekében.
A probiotikumok általános hatásaival kapcsolatos kutatásokból azonban számos olyan szempont merült fel, amelyek zavarba ejtik a terápia könnyűségét.
gyógyszerészeti termékekben található fémek vagy ásványok ellen; ezeknek a "szennyeződéseknek" a jelenléte egyes termékek terápiás alkalmazását csak olyan fogyasztókra korlátozza, akik nem rendelkeznek ezzel kapcsolatos túlérzékenységgel.
